关于【查看conda源】，如何用conda查看镜像源，今天犇涌小编给您分享一下，如果对您有所帮助别忘了关注本站哦。

1、查看conda源：Anaconda详细教程

Anaconda介绍、安装及使用教程

前言

Python是一种面向对象的解释型计算机程序设计语言，具有跨平台的特点，可以在Linux、macOS以及Windows系统中搭建环境并使用，其编写的代码在不同平台上运行时，几乎不需要做较大的改动就能运行。

Python的应用遍及人工智能、科学计算、Web开发、系统运维、大数据及云计算、金融、游戏开发等，具有数量庞大且功能相对完善的标准库和第三方库。

一、Anaconda

1、简介

Anaconda是大型的科学计算平台，是Python集成开发环境，包含了大量的科学包，能够方便快捷的对程序包进行管理和部署。

2、特点

• 安装简单
• 包含了数百个科学模块，高效运用于各种项目
• 免费社区支持
• Anaconda 是跨平台的，有 Windows、macOS、Linux 版本
• 支持多种语言：Python、R、Java等

3、包管理工具——conda

3.1 升级

升级Anaconda需要先升级conda

conda update condaconda update anacondaconda update anaconda-navigator # 最新版本的anaconda-navigator

3.2 卸载

Linux、Mac 删除安装路径

rm -rf anaconda

3.3 基本命令

conda --version                   # 查看 conda 版本conda update -n base conda        # update最新版本的condaconda create -n xxxx              # 创建名为 xxxx 的虚拟环境conda create -n xxxx python=3.5   # 创建包含 python3.5 的名为 xxxx 的虚拟环境conda remove -n xxxx --all        # 删除名为 xxxx 的虚拟环境conda activate xxxx               # 进入 xxxx 环境source activate xxxxconda deactivate                  # 退出环境source activateconda env list                    # 显示所有的虚拟环境conda info --envs                 # 查看当前环境conda clean -p                    # 删除没有用的包conda clean -t                    # tar打包conda clean -y -all               # 删除所有的安装包及cache

3.4 对包的操作

conda list                  # 查看所有已经安装的包conda list -n xxxx          # 指定查看 xxxx 虚拟环境下安装的 packageconda install -n xxxx xxx   # 在指定环境中安装 xxx 包conda update xxx            # 更新包 xxxconda uninstall xxx         # 卸载包 xxx

3.5 镜像源

conda config --show                        # 查看已经安装过的镜像源conda config --remove channels url         # 删除 url 源conda config --add channels                # 添加 url 源conda config --set show_channel_urls yes   # 从channel中安装包时显示channel的url

修改配置文件 ~/.condarc

channels:  - https://mirrors.sjtug.sjtu.edu.cn/anaconda/pkgs/main/  - https://mirrors.sjtug.sjtu.edu.cn/anaconda/pkgs/free/  - https://mirrors.sjtug.sjtu.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/  - defaultsshow_channel_urls: true

查看是否生效

conda info

4、pip

4.1 基本命令

pip --version                # 查看版本pip --help                   # 获取帮助pip install -U pip           # 升级 pippip install pkg              # 安装包pip install pkg=version      # 安装指定版本的包pip install --upgrade pkg    # 升级包pip uninstall pkg            # 卸载包pip search pkg               # 搜索包pip show                     # 显示安装包信息pip show -f pkg              # 查看指定包的详细信息pip list                     # 列出已安装的包pip list -o                  # 查看可升级的包

4、2 升级

Linux、Mac

pip install --upgrade pip

windows

python -m pip install -U pip

4、3 镜像源

临时使用清华源

pip install -i https://pypi.tuna.tsinghua.edu.cn/simple some-package

永久修改

Linux、Mac：~/.pip/pip.conf

windows：C:\Users\xx\pip\pip.ini

[global]index-url = https://pypi.tuna.tsinghua.edu.cn/simple# 阿里云 http://mirrors.aliyun.com/pypi/simple/ # 中国科技大学 https://pypi.mirrors.ustc.edu.cn/simple/ # 豆瓣(douban) http://pypi.douban.com/simple/ # 清华大学 https://pypi.tuna.tsinghua.edu.cn/simple/ # 中国科学技术大学 http://pypi.mirrors.ustc.edu.cn/simple/[install]trusted-host = mirrors.aliyun.com

二、安装

官网地址：https://www.anaconda.com/

1、Windows

安装时一般默认就行，在Advanced Installation Options这一步，不要勾选Add Anaconda to my PATH environment variable

2、Linux

命令行安装

bash ~/Downloads/Anaconda3-5.0.1-MacOSX-x86_64.sh

• 安装过程中，出现提示Press Enter to confirm the location, Press CTRL-C to cancel the installation or specify an alternate installation directory.
• 如果接受默认安装路径，则会显示 PREFIX=/home/<user>/anaconda<2 or 3> 并且继续安装。
• 出现提示Do you wish the installer to prepend the Anaconda install location to PATH in your /home/<user>/.bash_profile ?
• 建议输入yes。

3、Mac

前面直接下一步

在这，可以点击Change Install Location来改变安装位置。

完成！

点击Anaconda-Navigator的图标，打开

启动成功，说明安装完成。

三、jupyter

1、notebook环境配置

1.1、Windows

打开控制面板->系统->高级系统设置->环境变量，选中系统变量中的path进行添加

在Anaconda安装位置下的的Script目录及Library\bin目录复制进去，如

2、配置

2.1、生成配置文件

jupyter notebook --generate-config

2.2、设置密码

jupyter notebook password# 这步设置的密码用于浏览器访问时输入

2.3、修改配置文件

Windows

C:\Users\Administrator\.jupyter\jupyter_notebook_config.py

Linux、Mac

vim ~/.jupyter/jupyter_notebook_config.py

# 前面的 # 去掉c.NotebookApp.ip = '*'                    # 开启所有的IP访问，即可使用远程访问c.NotebookApp.open_browser = False        # 关闭启动后的自动开启浏览器c.NotebookApp.port = 8888                 # 设置端口8888，也可用其他的，比如1080，8080等等c.NotebookApp.notebook_dir = ’‘           # 设置 notebook 默认打开的目录c.PAMAuthenticator.encoding = 'utf8'      # 指定utf-8编码，解决读取中文路径或者文件乱码问题

2.4、启动notebook

jupyter notebook  # 启动 notebookjupyter lab       # 启动 lab

2.5 远程登录

启动notebook之后在浏览器中输入启动是打印的网址或者：

localhost:port/tree   # 进入 jupyter notebooklocalhost:port/lab    # 进入 jupyter lab

jupyter在服务器服务器，想在本地浏览器访问时，需要在终端输入命令

ssh -N -L localhost:7777:login-0-0.local:12315 dengxsh4490@10.100.2.10

注：localhost:7777指定本地浏览器需要输入的地址，login-0-0.local:12315代表服务器运行jupyter时打印的输出信息中的地址

3、jupyter kernel

3.1 扩展 R kernel

install.package('IRkernel')# displayname 指定jupyter中显示的名字IRkernel::installspec(name = 'ir32', displayname = 'R 3.2')

3.2 查看kernel

jupyter kernelspec list

3.3 卸载指定kernel

jupyter kernelspec remove kernel_name

四、jupyter 插件

1、jupyter notebook 插件

1.1、安装并激活 jupyter_contrib_nbextensions

pip install jupyter_contrib_nbextensions jupyter contrib nbextension install --user

1.2、 安装并启用 Jupyter Nbextensions Configurator

pip install jupyter_nbextensions_configuratorjupyter nbextensions_configurator enable --user

1.3、conda安装的方式

conda install -c conda-forge jupyter_contrib_nbextensionsconda install -cconda-forge jupyter_nbextensions_configurator

可替代1.1和1.2

完成后，在启动 jupyter notebook后可在浏览器菜单栏中多了一栏

选中想要的插件即可添加

1.4、插件选择

Variable Inspector：这是一个查看变量的插件

Table of Contents：自动生成目录插件

Table of Contents：自动生成目录插件

Codefolding：代码折叠

Autopep8：自动代码格式优化

AutoSaveTime：控制脚本的自动保存时间

Hide Input All： 隐藏所有的代码单元，保持所有的输出和 markdown 单元可见

Spellchecker： 对 markdown 单元中的内容进行拼写检查

插件很多，可根据需要添加

2、jupyter lab插件

• 点击菜单栏Settings下拉框中的Advanced Settings Editor选项，进入设置页面

• 接着，点击Extension Manager，并且在右边的空白框里填上{'enabled':true}，并且按右上角的保存按钮。

• 最后，你会看到Lab右边会出现插件栏的按钮，我已经安装过一些插件

介绍几款好用的插件

注：安装这些插件需要先安装 node，并将node添加到环境变量中。安装时请注意node版本

2.1、toc

这是一个目录插件，安装后就能很方便地在Lab上展示notebook或者markdown的目录。目录可以滚动，并且能展示或隐藏子目录。

https://link.zhihu.com/?target=https%3A//github.com/jupyterlab/jupyterlab-toc

2.2、LaTeX

支持在线编辑并预览LaTeX文档。

https://link.zhihu.com/?target=https%3A//github.com/jupyterlab/jupyterlab-latex

2.3、drawio

可以在Lab中启用drawio绘图工具，是一款非常棒的流程图工具。

https://link.zhihu.com/?target=https%3A//github.com/QuantStack/jupyterlab-drawio

2.4、variableinspector

该插件可以在Lab中展示代码中的变量及其属性，类似RStudio中的变量检查器。

https://link.zhihu.com/?target=https%3A//github.com/lckr/jupyterlab-variableInspector

2.5、go to Definition

该插件用于在Lab笔记本和文件编辑器中跳转到变量或函数的定义。

https://link.zhihu.com/?target=https%3A//github.com/krassowski/jupyterlab-go-to-definition

2.6、lsp

该插件用于自动补全、参数建议、函数文档查询、跳转定义等。

https://link.zhihu.com/?target=https%3A//github.com/krassowski/jupyterlab-lsp

2.7 spreadsheet

该插件用于在Lab上显示excel表格，只读

https://link.zhihu.com/?target=https%3A//github.com/quigleyj97/jupyterlab-spreadsheet

2.8、debugger

可用于试调

conda install xeus-python=0.8.0 -c conda-forgejupyter labextension install @jupyterlab/debugger

https://github.com/jupyterlab/debugger

2.9、matplotlib、dash、plotly等可交互式绘图

帮助我们在notebook界面配合matplotlib实现交互式的作图，只需要在绘图之前执行魔法命令%matplotlib widget

matplotlib：https://github.com/matplotlib/ipympl

plotly：https://github.com/plotly/plotly.py

2.10、kite

在jupyter lab使用kite代码补全服务

https://github.com/kiteco/jupyterlab-kite

2、查看conda源，如何用conda查看镜像源

软件安装是生信分析的基础，除了掌握基本的软件安装理论外之后 (Linux - 命令运行监测和软件安装），就是去下载源码安装或使用包管理工具安装通常操作都没问题时，软件却怎么都装不上，这一般都是网络问题所以你需要一个能够快速访问的镜像，下载快还不容易断，今天小编就来说说关于如何用conda查看镜像源?下面更多详细答案一起来看看吧!

如何用conda查看镜像源

软件安装是生信分析的基础，除了掌握基本的软件安装理论外之后 (Linux - 命令运行监测和软件安装），就是去下载源码安装或使用包管理工具安装。通常操作都没问题时，软件却怎么都装不上，这一般都是网络问题。所以你需要一个能够快速访问的镜像，下载快还不容易断。

国内的镜像比较全的有清华镜像 (https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn)和阿里云镜像 (https://developer.aliyun.com/mirror/)。下面以清华镜像为例 (阿里云镜像没有conda)，展示下其操作。

Conda增加清华的镜像，运行下面的代码 (后添加的通道优先级更高)

conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/mainconda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/freeconda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/rconda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/proconda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/msys2conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/

或直接把下面文字拷贝到 ~/.condarc中 (越靠前的优先级越高)

channels: - https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/main - https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free - https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/r - https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/pro - https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/msys2 - https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/ - https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/

可以每次安装时加-i参数 (或使用alias命令)。

注意，simple不能少, 是https而不是 http。

pip install -i https://pypi.tuna.tsinghua.edu.cn/simple some-package

升级 pip 到最新的版本 (>=10.0.0) 后进行永久配置：

pip install pip -Upip config set global.index-url https://pypi.tuna.tsinghua.edu.cn/simple

CRAN和Bioconductor的镜像

安装前现运行这几句话，或把这几句话放在~/.Rprofile或~/.Profile.site文件下 (Windows里面的路径是C:\Program Files\R\R-3.6.1\etc)。

local({r <- getOption("repos")r["CRAN"] <- "http://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/"options(repos=r)})options(BioC_mirror="https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/bioconductor")

自动安装包

# 安装BiocManagerif (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE)) install.packages("BiocManager")# 获取已安装包a = rownames(installed.packages())install_package <- c("RColorBrewer", "gplots", "agricolae","optparse")# 判断包是否存在，不存在则安装for (i in install_package) { if (!i %in% a) BiocManager::install(i, update = F)}

如果是Github的包安装起来比较慢，可以考虑在码云（https://gitee.com/）注册个账户，把`Github`的库先克隆到码云 （点击几下就可以实现，码云的服务器访问Github还是很快的），然后再下载到本地安装即可。

Mac下默认的不少Linux命令如awk, sed，cat等与Linux下使用方式有些差别，通常需要安装GNU系列的对应命令来统一代码操作。可以通过brew安装，但brew update过程默认是极其的慢，也需要改一下镜像。

安装Brew

/usr/bin/ruby -e "$(curl -fsSL https://raw.githubusercontent.com/Homebrew/install/master/install)"

配置镜像

# brew 程序本身，Homebrew/Linuxbrew 相同git -C "$(brew --repo)" remote set-url origin https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/git/homebrew/brew.git# 索引的镜像# 以下针对 mac OS 系统上的 Homebrewgit -C "$(brew --repo homebrew/core)" remote set-url origin https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/git/homebrew/homebrew-core.gitgit -C "$(brew --repo homebrew/cask)" remote set-url origin https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/git/homebrew/homebrew-cask.gitgit -C "$(brew --repo homebrew/cask-fonts)" remote set-url origin https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/git/homebrew/homebrew-cask-fonts.gitgit -C "$(brew --repo homebrew/cask-drivers)" remote set-url origin https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/git/homebrew/homebrew-cask-drivers.git# 更换后测试工作是否正常brew update# 软件包的镜像echo 'export HOMEBREW_BOTTLE_DOMAIN=https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/homebrew-bottles' >> ~/.bash_profilesource ~/.bash_profile

安装相应的gnu系列工具

#brew install bashbrew install coreutilsbrew install gawkbrew install gnu-sed

还有其它镜像，如Perl的CPAN，Linux操作系统安装包，Linux操作系统自带包管理工具(yum/apt)的源，Docker镜像等。

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